基于生信学方法分析GSDM基因家族在膀胱癌的表达及临床意义

作者：刘坤; 陈德春^*

来源：医学信息(上旬刊), 2022, 35(10): 14-25.

• 膀胱癌
• 消皮素
• 肿瘤微环境
• 生物标志物

目的 探讨消皮素（GSDM）基因家族在膀胱癌中的表达及临床意义。方法 利用TCGA数据库对GSDM家族6个成员在膀胱癌组织及正常组织中的表达进行差异分析，并使用TISCH数据库在单细胞水平探索其在膀胱癌肿瘤微环境中各细胞的表达情况；进一步通过GEPIA2数据库探索GSDM基因家族与患者肿瘤分期的关系，并使用Kaplan-Meier Plotter数据库分析其与患者总体生存期的关系，通过单因素和多因素Cox回归分析探讨GSDM家族在膀胱癌中是否具有独立预测能力，利用GeneMANIA和STRING数据库构建蛋白互作网络，寻找与GSDM家族相互作用的蛋白，并对其进行基因功能富集分析，最后对GSDM基因家族进行免疫浸润分析。结果 GSDMB、GSDMC和GSDMD在膀胱癌中均高表达，其中GSDMB和GSDMD主要表达于恶性细胞中，随着TNM分期的增加，GSDMB及GSDME的表达量递减；生存分析显示，GSDMA、GSDMB、PJVK(DFNB59)的高表达的膀胱癌患者预后更佳，生存时间更长；功能富集分析显示，GSDM及互作基因主要富集于细胞焦亡等免疫相关的生物过程；Cox分析显示，GSDMB是BC患者预后的保护性因素，而年龄、T分期和TNM分期是BC患者预后的高危因素。结论 GSDM基因家族中的GSDMB和GSDMD在膀胱癌组织中呈高表达，并且主要定位于恶性细胞，其高表达与更好的预后相关。可能是通过诱导癌细胞的焦亡而发挥抗癌作用，具有作为预测膀胱癌预后的生物标志物和治疗靶点的潜力。