16S rDNA特异性引物设计优化及其在淞江鲈体表微生物鉴定中的应用

作者：徐鹏昊; 罗武松; 何恩明; 王焱磊; 蔡枫; 张亮; 窦同海; 王金秋; 周雁

来源：复旦学报(自然科学版), 2018, 57(01): 59-67+78.

DOI：10.15943/j.cnki.fdxb-jns.2018.01.008

• 引物设计
• 特异性
• 菌群分析
• 淞江鲈

引物与模板的结合特异性是PCR反应成功与否的主要决定因素之一.在进行以16srDNA为目标序列的菌种鉴定或者各种检测应用中,对引物的特异性具有较普遍的要求.需扩增出完整的目标属,实现属内保守,同时避免有效扩增其他属的相应序列即实现属间特异.对此,我们对引物设计进行优化,通过分析所有已知细菌16srDNA序列,针对特定目标属筛选特异和最高效的引物对,并在淞江鲈的体表菌群样品中进行验证实验.结果表明,所设计的引物具有较好的属内保守性和特异性,而且引物在扩增中的效率也有一定的保证,能够很好地应用于菌群的定量PCR分析.

• 单位
  上海人类基因组研究中心; 生命科学学院; 复旦大学; 遗传工程国家重点实验室