人与骆驼来源中东呼吸综合征冠状病毒密码子偏爱性分析

作者：尚方建; 刘熙; 田明明; 刘奇^*

来源：中国病原生物学杂志, 2020, 15(11): 1246-1256.

DOI：10.13350/j.cjpb.201102

• 人
• 骆驼
• MERS-CoV
• 密码子偏爱性

目的分析2012-2018年人与骆驼来源的中东呼吸综合征(MERS-CoV)的密码子偏爱性关系。方法使用ENC-Plot、中型绘图、PR2绘图、聚类分析等方法对MERS-CoV各蛋白编码序列进行分析。结果人与骆驼来源的MERS-CoV,其各蛋白ENC分别在52.16-55.81、54.47-56.31之间。且两者均偏爱以A、U结尾的密码子(RSCU>1)约占88.27%、78.20%,UUU、UUG、CUU、AUU、UCU、AAU、GAA、AGU、AGG、GGU为二者共有的偏爱密码子。ENC-Plot、中型绘图、PR2绘图显示影响两宿主来源的MERS-CoV密码子使用偏性的因素以自然选择为主,突变次之,且自然选择对人源MERS-CoV的作用更大。基于密码子偏爱性的聚类分析显示,2018年度人源MERS-CoV的多数蛋白与骆驼来源MERS-CoV聚类;此外,2017年流行株骆驼来源MERS-CoV有7个蛋白均不与其他年份流行株聚类,提示当年密码子偏爱性发生较大改变。结论人与骆驼来源的MERS-CoV的密码子使用偏性均一,主要受环境选择的影响。2017年前后骆驼来源MERS-CoV多数蛋白密码子偏爱性发生变化,因此需加强骆驼来源MERS-CoV的监控,以防止在人群中的大范围流行。

• 单位
  大理大学; 基础医学院