长链非编码RNA 1010001N08Rik在支气管肺发育不良形成中的表达规律及生物信息学分析

作者：包天平; 田兆方; 赵赛; 杨丽娟; 程怀平; 张媛; 王秀桂; 王会芳

来源：中华新生儿科杂志(中英文), 2017, 32(05): 384-388.

• 支气管肺发育不良
• RNA
• 分子生物学
• 小鼠
• 1010001N08Rik

目的初步研究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)1010001 N08Rik在高氧诱导新生小鼠支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)形成过程中的表达规律,并对其进行系统的生物信息学分析,预测其参与BPD发生发展的可能作用机制。方法通过UCSC在线基因浏览工具获取1010001N08Rik序列、所在基因组位置及其邻近基因相关信息;应用Ensemble数据库预测1010001N08Rik的靶基因。将新生C57BL/6J小鼠置于95%高氧环境下7 d,制备高氧诱导新生小鼠BPD模型。采用逆转录聚合酶链反应检测1010001N08Rik、Gata 6 mRNA在BPD形成过程(第0、1、3、5、7天)中的变化情况,并通过t检验比较其表达差异。结果 1010001N08Rik在BPD形成过程第1、3、5、7天相对表达量分别为1.21±0.33、2.02±0.41、2.95±0.45、4.20±0.48,其表达逐渐增加,且第1、3、5、7天各组相近两个时点间差异均有统计学意义(P<0.05);Gata 6 mRNA第1、3、5、7天相对表达量分别为0.92±0.30、1.10±0.31、0.86±0.24、0.45±0.08,第7天低于第5天(P<0.05),其余相近两个时间点比较差异无统计学意义(P>0.05)。1010001N08Rik在哺乳动物间具有较高的保守性,其所在染色体区域存在大量转录因子结合位点及表观遗传学线索,Gata 6为其可能的调控靶标。结论 1010001N08Rik在BPD形成过程中表达量逐渐增加,生物信息学分析及初步实验提示其可能通过下调Gata 6表达参与BPD形成过程。

• 单位
  南京医科大学