石榴ARF基因家族鉴定及表达分析

作者：黄贤斌; 张太奎; 刘翠玉; 赵玉洁; 魏洪珉; 周涧青; 苑兆和^*

来源：果树学报, 2019, 36(01): 43-55.

DOI：10.13925/j.cnki.gsxb.20180164

• 石榴
• ARF基因家族
• 进化分析
• 表达分析

【目的】筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考。【方法】利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结构、保守基序、系统进化和RNA-Seq数据。【结果】石榴全基因组中鉴定出19个可能的ARF家族基因,根据系统发育树可以划分为4类。PgARF基因家族成员的扩张与全基因组复制事件有关,存在串联重复现象。RNA-Seq数据分析表明,PgARF有一定的组织表达特异性,存在假基因化和新功能化的可能。【结论】整合以上基因结构、系统发育与进化、RNA-Seq表达等分析结果,发现石榴ARF蛋白具有典型的B3、Auxinresp结构域,多数还具有Aux/IAA结构域。石榴ARF基因家族基因结构和保守基序的进化与进化时间相关,同时家族成员扩张主要与全基因组复制事件相关。

• 单位
  南京林业大学; 南方现代林业协同创新中心