基于SLAF-seq技术的山桐子SSR标记开发及应用

作者：邱文明; 严莉; 仝铸; 苏春莉; 何秀娟; 肖翠; 王泽琼; 周明芹; 袁龙义; 孙中海

来源：分子植物育种, 2021, 1-18.

• 山桐子
• SSR
• 简化基因组测序

为开发山桐子（Idesia polycarpa Maxim.）简单序列重复（simple sequence repeat， SSR）分子标记，我们构建了山桐子特异性位点扩增片段测序（specific-locus amplified fragment sequencing， SLAF-seq）数据库。基于多态性SLAF标签序列，利用MISA程序识别到SSR位点30 121个，SSR的发生频率为6.16%。SSR序列中包括3 451种基元重复类型，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复基元，SSR位点数分别为22 191 （73.67%）、3 184 （10.57%）和1 338 （4.44%）。单核苷酸中A/T类型比例最高，为22 117 （73.42％）；二核苷酸和三核苷酸中以TA/AT （1 743:5.79％）和AA～（A， G， C， T四种碱基均可） （233; 0.77％）重复比例最高，78.52％的SSR长度主要在10～15 bp之间。为验证SSR的可靠性，随机设计合成100对SSR引物，经PCR分析，其中96对引物能扩增出预期条带，35对引物能扩增出多态性条带。选择6对多态性引物对30份山桐子样品进行遗传分析，聚类结果很好地反映出样品来源、地理分布和资源特征。以上结果表明本研究开发的SSR标记成本低、多态性高，未来可用于山桐子种质资源分析、遗传图谱构建和分子辅助育种等研究。

• 单位
  长江大学; 湖北省农业科学院果树茶叶研究所