基于枸杞果实转录组SSR位点的开发与引物设计

作者：王佳伟; 段林渊; 戴国礼; 徐文娣; 周军; 任玉锋; 张欣; 张琨; 乔帅; 王惠冉

来源：分子植物育种, 2022, 1-19.

• 枸杞果实
• 转录组
• SSR

枸杞作为中国药食同源的重要树种，具有重要的经济和生态价值。本研究基于六种枸杞幼果期、转色期、成熟期果实18个样本的转录组数据，开发新的分子标记。采用MISA对1kb以上Unigenes进行SSR 搜索、筛选、识别及富集分析，并采用Primer 3进行SSR引物设计。发现33 025个SSR位点分布于23 035个Unigenes中，SSR位点的发生频率为58.68%，平均分布距离为4.87 kb。单核苷酸是枸杞果实转录组中SSR的主要重复类型，占总SSR的69.40%；优势重复基元为A/T，出现频率为68.08%。基序长度集中在5～25 bp。基因GO功能分类表明，含有SSR位点的14 325个转录组基因被富集到3个Ontology类别的453个功能分组中，生物过程涉及的功能分组最多，有372个。29 417个SSR位点成功设计引物，成功率为89.07%。通过分析表明，枸杞果实转录组SSR位点具有发生平率高、多态性好、涉及功能丰富、引物设计成功率等优点，可为枸杞属植物分子标记辅助育种、遗传多样性分析、种质鉴定等研究提供重要的参考价值与理论依据。

• 单位
  宁夏农林科学院; 北方民族大学; 生物科学与工程学院