对未知关系个体进行系谱推断的自动分析系统

作者：张文杰; 李彩霞; 于迪; 管珊珊; 童梦洁; 范虹^*; 刘京^*

来源：生命科学研究, 2022, 26(06): 515-521.

DOI：10.16605/j.cnki.1007-7847.2022.05.0150

• 亲缘关系推断
• 短串联重复序列(STR)
• 单核苷酸多态性(SNP)
• 自动批量化
• 法医系谱推断

基于短串联重复序列(short tandem repeat, STR)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)的亲缘关系推断在群体遗传学、法医学等领域应用广泛,但目前没有成熟的系统可以实现针对STR数据和SNP数据的自动批量化处理。为弥补这一空白,项目组开发了一款基于STR数据和SNP数据的DNA系谱推断系统(DNA Genealogy Analyzer Version 1.0, DGA v1.0),该系统可运用STR和SNP亲缘关系预测算法计算未知亲缘关系群体中的所有亲缘关系。系统核心算法部分基于Python语言实现,前端部分采用HTML和CSS语言编写,整体采用Python的Flask框架开发。该系统与已有分析方法相比,结果一致性为100%,运算效率提高了800%以上,在群体遗传学等领域有重要应用价值。

• 单位
  中国政法大学; 公安部物证鉴定中心; 陕西师范大学