水牛PPARG来源环状RNA的鉴定及表达谱分析

作者：冯雪; 洪慧颖; 孙晓菲; 亐开兴; 黄必志; 魏雪锋; 马云; 黄洁萍

来源：中国畜牧兽医, 2019, 46(12): 3457-3465.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.12.001

• 水牛
• PPARG基因
• 环状RNA
• 鉴定
• 表达谱

为鉴定前期转录组测序分析结果的可靠性,并从中挖掘水牛脂肪沉积潜在环状RNA(circular RNA,circRNA),本研究对10个来源于过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)基因的circRNA进行鉴定,根据测序获得的候选circRNA序列信息,设计对向引物进行半定量检测和普通测序以获得真实存在的circRNA,采用实时荧光定量PCR分析其在水牛不同组织和不同部位脂肪组织中的表达谱,半定量检测其在不同物种间的保守性。结果显示,10个候选circRNA中,有5个circRNA可以检测到,测序验证序列与转录组测序分析获得的序列一致,其中2个circRNA可设计出特异性的定量引物,这2个circRNA主要在脂肪组织中表达,且在不同部位脂肪组织中的表达量存在差异;另外3个circRNA在黄牛、牦牛、猪和小鼠的脂肪组织中均有表达,序列长度一致,序列相似度高。以上研究结果提示,转录组测序分析获得的结果可靠,其中有2个circRNA主要在脂肪组织中表达,且物种间保守,可作为研究水牛脂肪沉积的候选基因。

• 单位
  信阳师范学院; 云南省草地动物科学研究院; 生命科学学院