培根哲学的革命意义体现在他为现代哲学和现代科学确立了坚实的方法根基,以及在这一过程中他对传统思想的缺陷所展开的清理与批判。培根的传统批判主要围绕宗教和传统学术研究方法而展开。在宗教层面,培根在正统教义中寻找信仰与自然研究的内在一致;在传统学术研究层面,培根把批判目标指向了亚里士多德主义—经院哲学传统,认为其根本缺陷在于其对三段论的迷信,培根论证了三段论在自然研究当中是无效的。在此基础上,培根确立起科学研究的方法。培根确立新科学方法的前提是对古典自然概念的批判和重建。