基于CMAP数据库和分子对接的子宫内膜癌潜在药物筛选

作者：王佳宇; 郄艳艳^*

来源：临床医学研究与实践, 2023, 8(16): 5-10.

DOI：10.19347/j.cnki.2096-1413.202316002

• 子宫内膜癌
• 关联性图谱
• 分子对接
• 差异表达基因

目的 基于关联性图谱（CMAP）数据库和分子对接筛选子宫内膜癌（UCEC）的潜在药物。方法 采用癌症基因组图谱（TCGA）和基因型-组织表达研究项目（GTEx）数据库筛选UCEC的差异表达基因（DEGs）；通过基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和药物基因网络，预测相关靶点和通路，阐明UCEC的潜在分子机制；比较DEGs与CMAP数据库中的药物基因组表达谱，筛选出具有特异性的小分子化合物；验证UCEC相关蛋白和基因的表达并分析分子对接精度的准确性。结果 共获得112个UCEC相关基因，其中上调基因48个，下调基因64个。GO和KEGG分析表明，112个UCEC相关基因主要集中在血管平滑肌收缩、紧密连接、细胞黏附分子等通路。与CMAP数据库的DEGs比较得出，25种化合物可能与UCEC的治疗有关。比较E-钙粘蛋白（CDH1）活性中心配体与橘皮素、木犀草素的最佳构象发现，天然配体在三维X射线衍射图像中与蛋白质晶体具有相同的药物结合位置，且其大部分构象重叠。结论 本研究通过CMAP数据库预测UCEC相关小分子药物，利用分子对接技术和生物信息学初步探索橘皮素和木犀草素治疗UCEC的可能性，为后续的体外和体内实验提供了新的方向。

• 单位
  西北妇女儿童医院