水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及EST-SSR标记开发

作者：田怀志; 郭豪; 田浩; 熊兴伟; 张素勤; 耿广东^*

来源：广西植物, 2023, 43(11): 2052-2064.

• 辣椒
• 水涝胁迫
• 响应机制
• 转录组
• EST-SSR

为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制，该研究对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析，获得了丰富的序列数据，并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘。结果表明：(1)辣椒转录组检测共获得128 939个Unigene,其总长度、平均长度和GC含量分别是55 082 725、1 101 bp和40.57%。与七大功能数据库进行比较，分别有102 123个(NR, 79.20%)、110 157个(NT, 85.43%)、70 203个(SwissProt, 54.45%)、73 539个(KOG, 57.03%)、77 646个(KEGG, 60.22%)、77 442个(GO, 60.06%)以及68 216个(Pfam, 52.91%)Unigene获得功能注释。发现脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝胁迫应答中起重要作用。(2)从辣椒转录组数据中发掘到26 574个SSR位点分布在24 889个Unigene中。SSR的出现频率为20.61%,其中单核苷酸重复所占比例(37.26%)最高，其次是三核苷酸(31.00%)和二核苷酸(25.44%)重复类型，三者占EST-SSR总数的93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多的基序类型为A/T、AG/CT和TC/GA,其次是AT和TA;三核苷酸中最常见的基序类型是TTG/CAA和ACA/TGT。(3)用Primer 3在线工具设计了10 002对EST-SSR引物，随机选择30对引物进行PCR扩增，均可获得有效扩增。对3份辣椒材料进行扩增，其中7对引物可以扩增出目标条带。综上所述，在辣椒中优势SSR重复类型的基序结构和其他品种基本相近，并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分子机制，开发了EST-SSR标记，为辣椒耐涝遗传育种提供了参考。

• 单位
  贵州大学