黔北麻羊TIMP1基因编码区的克隆、表达及生物信息学分析

作者：洪磊; 敖叶; 周志楠; 唐文; 阮涌; 倪萌萌; 陈祥^*

来源：中国畜牧杂志, 2020, 56(07): 59-64.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20190927-01

• 黔北麻羊
• TIMP1
• 表达水平
• T-克隆
• 生物信息学分析

为探究黔北麻羊基质金属蛋白酶抑制剂1(TIMP1)基因的表达水平和蛋白结构功能。本研究选取3岁两胎次的单、多羔健康黔北麻羊母羊各3只,采集子宫、输卵管、垂体、下丘脑、卵巢5个组织并提取组织中的总RNA反转录为第一链cDNA,克隆了黔北麻羊TIMP1基因CDS区全长序列,对TIMP1蛋白的理化性质、蛋白质结构等进行预测分析,并进行同源性分析和系统进化树构建;同时采用qRT-PCR检测TIMP1基因mRNA在不同产羔性状的黔北麻羊性腺轴组织中的表达水平。结果发现:T-克隆的黔北麻羊TIMP1基因CDS区为624 bp,编码207个氨基酸,与NCBI上山羊mRNA序列相同;蛋白预测分析结果显示:黔北麻羊TIMP1蛋白的分子式为C1020H1581N283O291S19,相对分子质量为23.073 64 ku,等电点为8.62,不稳定系数为64.5;遗传进化树分析得出,与其他9个物种相比较,黔北麻羊TIMP1基因与绵羊和牛的遗传距离最近;qRT-PCR结果显示,垂体、卵巢和输卵管在多羔组中的表达高于单羔组(P<0.01)。本研究揭示了TIMP1基因在单、多羔黔北麻羊5个组织中的表达差异性,对TIMP1基因的T-克隆和蛋白的结构功能预测也丰富了相关研究数据,为进一步探索黔北麻羊产羔性状的分子机制提供参考。

• 单位
  动物科学学院; 贵州大学