胃癌关键基因和通路的生物信息学和功能分析

作者：吴茜; 宋兴勃; 钟慧钰; 温阳; 应斌武^*

来源：肿瘤预防与治疗, 2020, 33(02): 131-139.

DOI：10.3969/j.issn.1674-0904.2020.02.009

• 生物信息学
• 胃癌
• GEO数据库
• GCBI

目的:本研究拟通过生物信息学分析的方法分析胃癌及癌旁正常组织差异表达的基因,探索胃癌的发病机制,为胃癌的早期诊断和治疗评估提供新思路。方法:从基因表达数据库中获取GSE79973和GSE19826基因表达谱,使用GCBI在线实验室筛选差异表达基因,并使用基因本体论分析、代谢通路分析、基因信号通路网络分析、共表达分析对所获得基因进行分析。结果:与对照组相比,在胃癌组织中筛选出共1 206个基因呈差异表达。其中,542个基因表达下调,664个基因表达上调;差异基因主要涉及细胞粘附、细胞外基质组织、细胞外基质分解、胶原蛋白分解代谢过程等方面,pathway分析发现核心信号通路主要涉及粘附力、糖酵解/糖异生、Wnt信号通路、癌症通路等方面;基因信号通路网络分析发现的关键节点基因为UGT2B15、ITGA2、ITGB1、CYP3A4;共表达网络分析推测的关键节点基因为SH3GL2、CKMT2、CHIA、ATP4A。结论:INHBA、UGT2B15、ITGA2、ITGB1、SH3GL2等基因及其相关的生物过程可能是胃癌的潜在生物标志物和治疗靶标,生物信息学有助于全面深入研究疾病发生机制,筛选可能的核心靶点,为临床诊断及疾病治疗提供参考。

• 单位
  四川大学华西医院