亚麻荠WRI1转录因子基因家族的生物信息学分析

作者：刘克鑫; 杨宸; 王俊丽; 郭绩宁; 宋博文; 王巍杰

来源：分子植物育种, 2023, 1-16.

• 亚麻荠
• WRI1
• 基因家族
• 生物信息学

为了探究亚麻荠WRI1转录因子基因家族的表达与进化，本研究采用生物信息学方法与工具，以拟南芥(Arabidopsis thaliana)WRI1基因为种子序列，通过本地化BLASTp在亚麻荠(Camelina Sativa)全基因组中筛选并鉴定出30个WRI1转录因子家族基因。对其进行理化性质、基因与蛋白结构、进化关系、选择压力、表达模式等进行系统分析。结果表明：30个WRI1家族成员具有一定的理化性质保守性，亚细胞定位均定位在细胞核内，未预测到信号肽，和细胞核内转录因子的特征一致；蛋白二级预测显示各成员以无规则卷曲为主，三维结构预测显示出相对保守性；染色体定位表明，WRI1基因在除5号染色体之外的其他染色体中均有分布，未发现串联互换现象；共线性分析同源基因数量，结果显示，在基因组加倍的过程中发生了基因丢失；选择压力分析亚麻荠30个WRI1基因家族成员中的Ka/Ks值均在0.2～0.4之间，推测WRI1基因受到了净化作用。表达分析表明，WRI1基因对种子的发育有着重要的调控作用。

• 单位
  华北理工大学; 生命科学学院