基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算

作者：张右梓; 刘笑; 周一凡; 张增辉

来源：中国科学:化学 , 2018, 48(02): 204-209.

• PARP1
• 抑制剂
• MM/GBSA
• 相互作用熵
• 结合自由能
• 分子动力学

PARP1蛋白是真核细胞DNA损伤修复的关键因子,也是近年来肿瘤治疗的新热靶标之一.本文运用本课题组发展的基于相互作用熵方法并结合MM/GBSA方法对蛋白-配体进行丙氨酸扫描,计算了10个抑制剂小分子与PARP1蛋白及与PARP1蛋白各残基间的相互作用结合自由能并由此获得总的结合自由能.计算结果表明,相比传统MM/GBSA方法,新的计算方法可以显著提高蛋白-配体结合自由能计算的精度,缩小与实验值的误差.

• 单位
  精密光谱科学与技术国家重点实验室; 上海纽约大学; 华东师范大学