番茄type Ⅱ型MADS-box基因家族生物信息学分析

作者：杜红艳; 庞胜群^*; 王海琪; 张中荣; 马海翔

来源：分子植物育种, 2020, 18(20): 6618-6625.

DOI：10.13271/j.mpb.018.006618

• 番茄
• MADS-box
• 转录因子家族
• 生物信息学

typeⅡ型MADS-box基因家族在控制植物开花和花器官形成方面起着非常重要作用。近几年对MADS-box基因家族的研究颇多,但在番茄中的相关研究鲜有报道。本研究利用生物信息学的手段,对番茄typeⅡ型MADS-box基因家族蛋白序列进行分析,预测其结构域、蛋白的二级结构、三级结构、分子量、等电点、保守基序和染色体位置等特征,并用MEGA 5.05与拟南芥蛋白进行比对分析并构建系统进化树。结果表明,番茄typeⅡ型MADS-box基因家族有32个成员,分为MIKCC(30)组和MIKC*(2)组,MIKCC组可进一步分为SEP (6)、AGL6 (1)、AP1-FUL (5)、FLC (1)、SOC1 (3)、AGL17 (3)、SVP (2)、BS (1)、AG (3)、AGL12 (1)、AP3-PI (4)等11个亚族。typeⅡ型MADS-box家族基因在染色体上的分布不均匀,大多数聚集在2号染色体上,在第9号和10号染色体上没有分布。蛋白大小在177～279 aa,分子量和等电点分别介于20 703.9～30 846.96和5.98～9.79之间;基序预测有20个保守基序,α-螺旋和无规则卷曲是主要的二级结构。基因结构显示内含子在5～9之间。通过进化树可以看出大部分基因参与调控花器官的特异性。这为深入研究番茄typeⅡ型MADS-box基因提供参考依据。

• 单位
  石河子大学