肝癌自噬相关LncRNA预后预测模型的构建

作者：王沐淇; 田燕; 李亚萍; 党双锁^*; 贾晓黎^*

来源：西安交通大学学报（医学版）, 2021, 42(03): 453-459.

• 肝癌
• 自噬
• 长链非编码RNA
• 预后模型

目的构建并验证自噬相关长链非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)在肝癌患者中的预后相关预测模型。方法获取癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库中374例肝癌患者的转录组数据中的mRNA表达谱、LncRNA表达谱和临床特征。从mRNA表达谱中提取自噬相关基因(来自Human Autophagy Database)表达量,与LncRNA表达谱进行相关性分析筛选,得到与自噬相关基因高度相关的LncRNA。将上述自噬相关LncRNA在374例肝癌组织和50例癌旁组织中的表达量进行差异表达分析和单因素分析筛选,得到差异表达且与肝癌预后显著相关的自噬LncRNA,将其纳入Cox比例风险模型筛选和建立肝癌患者预后预测模型,根据预测模型计算风险指数(riskscore)并将患者分为高风险组和低风险组,进行Kaplan-Meier生存分析、Cox回归分析和受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve, ROC)评价该模型的预后评估价值。基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)得到高低风险患者基因富集的信号通路。结果筛选得到582个自噬LncRNA(r≥0.6,P<0.001),其中有23个差异表达并与肝癌预后显著相关的自噬LncRNA,构建了由MKLN1-AS、AC012360.3、AC145207.5、AL513320.1、AC099850.3和AL049840.2共6个LncRNA组成的预后预测模型。KM生存分析得到高风险组生存时间明显低于低风险组(中位生存时间为6.937、2.323年,P<0.001),Cox回归分析得到高风险组患者生存时间明显低于低风险组(HR=3.773,95%CI:2.252～6.322,P<0.001),风险值1、2、3、4、5、6年生存的ROC曲线下面积分别为0.760、0.729、0.731、0.722、0.696和0.685。GSEA分析得到高风险组基因主要富集在细胞周期、细胞自噬、肿瘤、泛素介导的蛋白水解作用、RNA降解等。结论由MKLN1-AS、AC012360.3、AC145207.5、AL513320.1、AC099850.3和AL049840.2共6个LncRNA组成的预后预测模型可用于肝癌患者预后预测,期待能够指导临床治疗。

• 单位
  西安交通大学第二附属医院