高校“青椒”专业发展的困境现实表现为身份归属之惑、价值认识之惑、重点领域之惑、目标定位之惑与动力倾向之惑。基于此,本文通过宏观环境层面的反思、中观组织层面的归因及微观个体层面的溯源,深度剖析了两难困境产生的原因,提出了破解高校“青椒”专业发展两难困境的路径需要社会、高校、教师“三级联动”,协同发力,在社会环境层面创设和谐氛围,在高校组织层面完善配套建设,在教师个体层面提升内核价值的策略。