葡萄病毒B内蒙古分离物全基因组序列分析

作者：刘晓萌; 张磊; 李小燕; 付崇毅; 宋培玲; 孙平平^*; 李正男^*

来源：果树学报, 2022, 39(10): 1911-1921.

DOI：10.13925/j.cnki.gsxb.20220032

• 葡萄病毒B
• 基因组
• 系统发育分析
• 重组

【目的】获得葡萄病毒B(Grapevine virus B,GVB)内蒙古分离物全基因组序列，并且分析该病毒基因组结构及与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系。【方法】以阳光玫瑰葡萄叶片为样品，提取RNA，根据NCBI中Genbank数据库中已报道的22条GVB全基因组序列的保守区分别设计3对GVB基因片段扩增所用引物，采用RTPCR结合RACE技术，克隆GVB全基因组序列，并进行序列分析和同源性比对以及系统进化关系的分析。【结果】成功获得了2个GVB内蒙古分离物全长基因组（GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2），大小均为7609 nt，均编码5个开放阅读框（open reading frame,ORF）。GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2分离物与22个已报道的GVB分离物全基因核苷酸一致性分别为74.9%～96.5%和74.8%～96.4%。系统发育分析结果表明，24个GVB分离物基于全基因组序列构建的进化树分为2个大组，基于外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列构建的进化树分为4组。本研究中2个GVB内蒙古分离物与加拿大分离物（登录号：MZ440726）的亲缘关系最近，一致性分别为96.5%、96.4%。在24个GVB全长基因组序列间无重组事件。【结论】首次获得GVB内蒙古分离物的全基因组序列，分析了基因组的基本特征，并且阐明了该病毒与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系，为我国GVB分类地位、病毒进化规律研究，以及后续开展侵染性克隆奠定了一定基础。

• 单位
  内蒙古农业大学; 园艺与植物保护学院; 内蒙古农牧业科学院