在新工科建设背景下，结合交叉学科特点，从知识结构、教学组织、教学参与者三个方面分析了当前高校教学中存在的难点。针对这些难点，采用二元分析法，并结合BOPPPS模式，对知识模块进行了深入分析与合理归类，提出了新兴交叉学科教学设计系统的核心策略。基于此策略构建的教学设计系统能够在详细分析不同类型知识模块特点的基础上，给出具体的教学设计方案，为新兴交叉学科的有效教学提供新思路，为提升人才培养的质量和效率助力。
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