肺孢子菌肺炎是免疫低下人群中常见的机会性感染, 易造成进行性缺氧、急性呼吸衰竭, 病死率较高。肺孢子菌肺炎的临床表现没有特异性, 快速、准确的微生物学诊断对于早期治疗、改善预后极其重要。近年来研究显示, 宏基因组学二代测序技术可应用于肺孢子菌检测, 具有快速、全面、灵敏度高等优点, 其诊断价值值得进一步研究、探讨。