本发明公开了一种选择性抑制聚糖菌提高生物除磷效能的方法,属于污水生物除磷领域;本发明通过向污水生物处理系统进水中或厌氧段投加针对延胡索酸还原酶/琥珀酸脱氢酶的特异性抑制剂,选择性抑制聚糖菌的碳源摄取,有效压制聚糖菌在生物除磷系统的增殖,提高聚磷菌的丰度、系统生物除磷能力及碳源有效利用率,提高污水处理过程生物除磷效能。本发明具有操作简单、可操作性高、稳定有效、成本低等优点,且不受进水水质和污水处理工艺的限制,具有广谱适用性;此外,本发明还可用于试验室系统中聚磷菌的高效快速富集。