本发明公开了一种从甜菜根中提取甜菜色素的方法,涉及天然色素生产技术领域,包括以下步骤:(1)将甜菜根与固定化酶加入pH4~6的缓冲溶液中,在40~55℃恒温水浴下酶解70~180min;所述固定化酶含有果胶酶、半纤维素酶和纤维素酶;(2)将固定化酶去除,再置于超声波水浴中提取,得甜菜色素。本发明方法得到的产品中甜菜色素的含量大大提高;且抗氧化活性高于传统提取方法、酶法和超声法得到的甜菜色素,有着更为良好的生物活性。