基于TCGA数据库免疫基因表达谱构建253例宫颈鳞状细胞癌免疫亚组

作者：宋春红^*; 甄娟; 吴莎; 毕学杰

来源：中华肿瘤防治杂志, 2021, 28(02): 137-143.

DOI：10.16073/j.cnki.cjcpt.2021.02.08

• 免疫,肿瘤
• TCGA数据库
• 宫颈鳞状细胞癌
• 基因组学
• 免疫分组

目的采用美国肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库免疫基因表达谱构建宫颈鳞状细胞癌免疫亚型,并分析各免疫亚组特征,为宫颈鳞状细胞癌预后分析及治疗提供新指标。方法 TCGA数据库共下载253例宫颈鳞状细胞癌及3例癌旁正常组织的mRNA表达谱及临床数据。根据单样本基因集富集分析(ssGSEA)得分情况,将宫颈鳞状细胞癌分为高免疫组、中等免疫组及低免疫组3个免疫亚组。采用Kolmogorov-Smirnov检验分析各免疫亚组肿瘤微环境和免疫细胞亚群比例,运用单因素方差分析比较各组人类白细胞抗原(HLA)相关基因及程序性死亡配体1(PD-L1)基因表达情况,采用Log-rank检验及多因素Cox回归分析进行生存分析。对免疫亚组做基因富集分析,确定基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集区域。结果 3个免疫亚组免疫评分(χ2=144.87)、基质评分(χ2=116.127)、总评分(χ2=37.941)及肿瘤纯净度(χ2=116.127)比较差异均有统计学意义,均P<0.001。高免疫组19个HLA相关基因表达高于中等免疫组及低免疫组,均P<0.001。PD-L1基因表达及CD8+T细胞比例在3个免疫亚组之间差异有统计学意义(F=39.048,P<0.001;χ2=46.654,P<0.001)。3个免疫亚组5年生存率差异有统计学意义,χ2=6.400,P=0.029。免疫分组是影响宫颈鳞状细胞癌患者预后的主要因素,P<0.05。高免疫组GO生物学过程富集区域及KEGG通路主要集中于免疫相关信号通路。低免疫组GO生物学过程富集区域和KEGG通路主要集中于癌症相关信号通路。结论基于TCGA数据库免疫基因表达谱将宫颈鳞状细胞癌分为3种免疫亚组,不同亚组具有不同的分子特征和临床预后,对分析宫颈鳞状细胞癌预后、指导宫颈鳞状细胞癌治疗具有临床意义。

• 单位
  石家庄市第四医院