基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析

作者：孟玮; 蒋艳琳; **; 杨天燕^*; 周剑光^*

来源：淡水渔业, 2019, 49(06): 10-14.

DOI：10.13721/j.cnki.dsyy.2019.06.002

• 江鳕(Lota lota)
• 转录组
• RNA-seq
• SSR
• 位点信息

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。

• 单位
  浙江省海洋水产研究所; 中国水产科学研究院长江水产研究所; 浙江海洋大学