Ⅰ型单纯疱疹病毒感染人二倍体成纤维细胞后长链非编码RNA表达谱分析

作者：邓荣珍; 李志远; 徐梁子; 杞梦迪; 杨梦梅; 孙静; 胡凝珠; 施建东^*; 胡云章^*

来源：中国病原生物学杂志, 2020, 15(02): 158-163.

DOI：10.13350/j.cjpb.200207

• 单纯疱疹病毒1型
• 人胚肺二倍体成纤维细胞
• 长链非编码RNA
• 表达谱

目的探讨Ⅰ型单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染人胚肺二倍体成纤维细胞(KMB-17)对长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的调控作用。方法用HSV-1感染KMB-17细胞,于感染后48h提取RNA进行高通量测序。测序获得的转录本用Cufflinks、CPC和CNCI软件进行lncRNA的鉴定和注释,并利用cuffdiff软件进行差异表达lncRNA的筛选。对筛选的差异表达lncRNA进行靶基因的预测及其GO和KEGG功能富集分析。结果共筛选到891个差异表达的lncRNA,其中上调515个,下调376个。GO和KEGG功能富集分析表明,HSV-1感染诱导表达差异的lncRNA靶基因主要富集在Toll样受体信号通路,RIG?I样受体信号通路,Jak-STAT信号通路、Hedgehog信号通路、趋化因子信号通路和细胞代谢相关信号通路上。结论 HSV-1感染KMB-17细胞后诱导细胞lncRNA差异表达并通过靶基因来影响细胞抗病毒免疫和细胞代谢等相关信号通路,调控细胞抗病毒的响应机制。

• 单位
  中国医学科学院医学生物学研究所; 昆明医科大学