栽培金鸡菊EST-SSR分子标记开发与亲缘关系分析

作者：孙浩男; 李蓉; 李明阳; 郑妍; 刘志杰; 张存石; 刘冬云^*; 李鹤^*

来源：草地学报, 2022, 30(06): 1430-1440.

• 金鸡菊
• 种质资源
• EST-SSR
• 转录组
• 亲缘关系

为了开发适用于栽培金鸡菊的EST-SSR分子标记，采用二代高通量测序技术对剑叶金鸡菊‘斯丹泰勒’(Coreopsis lanceolata‘Sterntaler’)的叶片进行转录组测序。结果表明：通过转录组测序共得到42 958条Unigene,利用MISA软件共检测出个6 546个SSR位点，平均分布距离6.36 kb。除单核苷酸外，重复类型以二核苷酸和三核苷酸为主，分别占总数的19.28%和30.13%,二者优势重复单元和占比分别为AG/CT(57.30%)和AAT/ATT(27.94%)。通过Primer3软件设计得到4 499条引物，在随机筛选的50对引物中成功开发出22对多态性较好的引物，扩增出的166个条带全部具有多态性。通过UPGMA聚类分析，在遗传距离为0.460时可将100个栽培金鸡菊种质划分为7类，其遗传相似系数介于0.542 2～1之间，平均为0.747 6。金鸡菊组、两色组、歧序组和轮叶组相关的种质可作为金鸡菊远缘杂交育种的材料。本研究为栽培金鸡菊的分类鉴定、杂交育种和绘制指纹图谱提供了理论依据。

• 单位
  河北农业大学