农家书屋是按照项目制逻辑运行的一项农村文化惠民工程。项目制的优势使农家书屋迅速实现了全国性的规模覆盖。但项目制运行逻辑也带来了资源配置的割裂与错位、行动主体的强弱分化、权力体系的冲突与背反、双轨体制的交织与冲突等实践困境。以农民需求导向逻辑进行资源配置、增强"建""管"主体之间的联系、强化基层统筹和共建共享、加强与基层图书馆的联合互动,是破解农家书屋项目制逻辑困境、促进农家书屋转型发展和提质增效的基本策略。