基于GEO数据库的卵巢癌ceRNA调控网络构建及相关lncRNAs的筛选

作者：区嘉敏; 易慧幸; 区小燕; 吕晓刚^*

来源：基层医学论坛, 2021, 25(32): 4589-4596.

DOI：10.19435/j.1672-1721.2021.32.001

• 卵巢癌
• ceRNA调控网络
• GEO数据库
• 分子靶标

目的基于卵巢癌相关的非编码RNA高通量测序数据,构建竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络并进行功能富集分析,研究筛选参与的卵巢癌发生和发展的lncRNAs。方法采用GEO数据库的RNA-seq测序数据和mi RNA-seq测序数据,筛选差异表达的长非编码RNA(lncRNAs),miRNAs和mRNAs,并根据ceRNA理论构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。采用KOBAS工具对基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。采用R语言的p ROC函数进行受试者工作特征ROC(曲线)分析。结果 lncRNA FTX与PDS5B表现最高的正相关关系(R=0.91,P<0.001),GEO数据库分别获得22个差异lncRNAs,149个差异mi RNAs和1 409个差异mRNAs分子,并成功构建卵巢癌相关的ceRNA调控网络。GO和KEGG分析表明失调的mRNAs主要与TGF-β1调控,细胞增殖及补体信号通路等有关。结论本研究通过综合生物信息分析策略,构建卵巢癌特异性的lncRNA相关ceRNA调控网络,并鉴定lncRNA FTX可作为潜在的诊断分子靶标,为卵巢癌早期诊断提供参考。

• 单位
  广州市番禺区第五人民医院; 广州医科大学; 广州市番禺区第六人民医院