高粱低氮胁迫相关novel-miRNA的鉴定及其靶基因预测

作者：马建华; 杨艳君^*; 赵红梅; 冯玉杰; 罗爱国

来源：应用与环境生物学报, 2023, 1-15.

DOI：10.19675/j.cnki.1006-687x.2023.05010

• 高粱
• 低氮胁迫
• novel-miRNA
• 靶基因

为探究microRNA(miRNA)在高粱低氮胁迫反应中的调控作用，对高粱幼苗进行短时(8 h)和长时(15 d)低氮胁迫处理，采用Illumina HiSeqTM2000对其小RNA进行高通量测序，利用mireap软件预测novel-miRNA，分析其表达差异性. 对差异表达的miRNA进行表达模式聚类分析及茎环RT-PCR荧光定量验证. 采用TargetFinder软件对差异表达的novel-miRNA进行靶基因预测，并对预测的靶基因进行Gene Ontology(GO)注释分类. 结果显示：123个novel-miRNAs中，有40个novel-miRNAs具有显著或极显著表达差异. 根系中，短时胁迫下有6个为上调表达，10个下调表达，长时胁迫时，上调和下调表达数各3个；叶片中，短时胁迫4个为上调表达，22为下调表达，长时胁迫上调和下调表达数分别为2个和9个. 这些差异表达的novel-miRNAs在根系和叶片中的表达模式不同，分别聚为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三种类型. 它们不均等分布在不同染色体上，2号染色体上分布最多，其次为4号、1号和7号染色体. novel-miRNAs预测到8个靶基因，这些靶基因涉及物质代谢、刺激反应、生物调控、生殖发育等多个生命过程. 本研究从高粱中鉴定了40个低氮胁迫差异表达的novel-miRNAs，预测到8个靶基因，结果为高粱低氮胁迫调控机制研究提供相关miRNAs及优良候选基因. (图7 表3 参29)

• 单位
  晋中学院