利用生物信息学方法解析自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的动态表达

作者：徐长禄; 赵艳红; 马艺戈; 王冰蕊; 王鼎; 郭青; 佟静媛; 高洁; 李亚朴; 刘金花; 石莉红^*

来源：生物技术进展, 2019, 9(03): 271-276.

DOI：10.19586/j.2095-2341.2018.0111

• 自噬相关基因
• 红细胞终末分化
• RNA-Seq
• 红细胞成熟
• 生物信息学分析

为了探究自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达概况,利用生物信息学方法对人体终末分化各阶段红细胞转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)数据中自噬相关基因的表达进行提取并分析。结果表明,自噬相关基因在红细胞终末分化各阶段呈现不同的表达模式;在红细胞终末分化的早期,超过50%的自噬相关基因呈现高表达状态;原始红细胞及早幼红细胞中高表达的自噬相关基因富集的生物学过程主要包括细胞自噬及其调节、蛋白质的磷酸化及囊泡的运输,而线粒体自噬相关基因主要在中幼红细胞及晚幼红细胞阶段高表达。研究发现,自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达呈现动态变化;不同阶段的红细胞中高表达的自噬相关基因及其富集的生物学过程均不同。

• 单位
  中国医学科学院; 北京协和医学院; 实验血液学国家重点实验室