柑橘大实蝇低覆盖度基因组及其分析

作者：何容; 王书平^*; 王涛; 许佳丹; 滕凯; 王寅鹏; 贺康; 李飞

来源：植物保护学报, 2021, 48(06): 1429-1437.

DOI：10.13802/j.cnki.zwbhxb.2021.2021898

• 柑橘大实蝇
• 基因组测序
• 基因组组装
• 基因组注释

为探究柑橘大实蝇Bactrocera minax的全基因组信息,以海关口岸截获的柑橘大实蝇样本为材料,提取DNA后构建350 bp短片段文库,采用Illumina二代测序平台开展全基因组测序,进行基因组组装、完整性评估和注释分析。结果表明,柑橘大实蝇的基因组大小为368.14 Mb,重复序列占比为16.27%,杂合率为0.79%,属于中等杂合度基因组。基因组组装得到43 124条contigs,contig N50长度为94 994 bp。BUSCO评估显示,组装的基因组可完整覆盖98.80%昆虫保守的单拷贝直系同源基因,表明该组装的完整性很高,可以满足后续分析。通过EVM注释流程整合了从头预测、同源预测和基于转录组预测等不同方法的注释结果,共预测到35 655个蛋白编码基因,其中24 343个基因有功能注释。

• 单位
  浙江大学