东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡线粒体基因组序列测定与分析

作者：李静; 潘建飞; 何子璐; 王玉涛

来源：基因组学与应用生物学, 2018, 1-12.

• 喜马拉雅雪鸡
• 线粒体基因组
• RNA二级结构
• 系统进化

喜马拉雅雪鸡属国家二级保护动物,是生存海拔最高的鸡类,在维持生态平衡和鸟类高海拔适应研究具有重要的科研价值。本研究以帕米尔高原喜马拉雅雪鸡为研究对象,采用直接测序法,拼接组装获得该物种线粒体（mtDNA）全基因组序列,对mtDNA全序列进行注释和序列结构分析,并选择GenBank已提交的鸡形目鸟类mtDNA序列,利用邻接法构建喜马拉雅雪鸡系统发育树,为该物种的有效保护和开发利用提供分子水平的依据。结果表明:喜马拉雅雪鸡的mtDNA全长为16691bp,基因种类、数量及排列顺序与鸟类线粒体基因典型排列顺序一致。基因组核苷酸含量为A:30.2%、T:23.9%、C:32.2%、G:13.8%,（A+T）含量（54%）略高于G+C（46%）含量,AT-skew为0.1167,有一定的碱基偏好。本研究中东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡起始密码子以ATG为主,终止密码子以TAA为主。预测了22个tRNA的二级结构,均能形成典型的三叶草结构,共有错配25处,以GU错配为主,喜马拉雅雪鸡tRNASer（UCN）基因比藏雪鸡的tRNASer（UCN）基因多出3个碱基;系统发育树构建表明雪鸡与鹌鹑关系最近,并发现帕米尔高原喜马拉雅雪鸡与甘肃阿克塞自治县喜马拉雅雪鸡形成两个独立的进化支。

• 单位
  中国农业科学院; 喀什大学