蛹虫草基因组密码子使用偏性分析

作者：韩利红; 田雪莲; 李雪梅; 谭娟; 何春萍; 刘潮^*

来源：食用菌学报, 2021, 28(02): 26-35.

DOI：10.16488/j.cnki.1005-9873.2021.02.004

• 蛹虫草
• 食药用真菌
• 核基因组
• 线粒体基因组
• 密码子偏性
• 最优密码子
• 进化压力

以蛹虫草(Cordyceps militaris)核基因组和线粒体基因组数据为基础,对密码子使用偏性及其影响因素进行分析。结果显示:蛹虫草核基因的GC含量为59.53%,同义密码子第3位胞嘧啶频率最高(50.58%),高表达基因的平均有效密码子数较低;核基因中共鉴定出22个高频密码子,均以G/C结尾,其中16个为最优密码子,且81.25%的最优密码子以C结尾;基因表达与有效密码子数、第3位同义密码子C的频率显著相关;核基因密码子偏性较强,低表达基因主要受碱基突变影响,而高表达基因主要受选择压力影响。线粒体基因的GC含量为24.52%,高频密码子主要以A/T结尾,密码子偏性受到碱基突变和选择压力影响;功能基因在蛹虫草生长发育过程中发挥基础作用,影响密码子使用偏性的因素可能与核基因一致。与酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)相比,蛹虫草基因密码子使用偏性更接近大肠杆菌(Escherichia coli)。研究结果为蛹虫草基因分子进化、功能基因研究和资源开发利用提供参考。

• 单位
  曲靖师范学院