"双一流"政策的实施对在大学组织运行中起重要作用的一些惯常组织行为和机制产生了影响:在微观层面造成脱耦机制失效,在中观层面造成组织边界丧失,在宏观层面强化规范模仿机制。机制异化将导致大学办学自主权得不到落实,大学内部基层学术单位活动空间被压缩,高等教育系统内的公平竞争受到影响。对此,应涵养理性独立的现代大学,划清大学与政府的边界,真正落实大学的办学自主权;减少具体评价,将评价与利益脱钩;把"双一流"建设从行政建设发展为法制建设,营造有利于竞争的法治环境。