当前,高等院校不断深化改革,主要包括教学、科研以及财务管理等方面的内容,财务制度的变革是其中很重要的一环,全面加强预算管理又是整个高校财务管理的重中之重,具体表现在《预算法》和《政府会计制度》的全面实施。随着新时代新形势的发展,在高等院校内部必须进行相应的财务管理改革,相关人员在此期间需要明确问题本质与产生的原因。基于此,本文分析了高等院校预算管理中存在的问题,并提出了加强全面预算管理的对策。