从辽宁省2020年评选的“专精特新”“小巨人”企业中选取35家企业作为研究样本,利用DEA模型对不同公司的技术效率、规模效率和综合效率进行考察,研究影响各企业科技创新投入产出效率的关键性因素。研究结果表明:各个“小巨人”企业中科学技术创新的投资规模变化很大,科技创新投入与科技创新输出不完全正相关,整体的科技创新效率都需要改善。最后,将样本中DEA有效的企业作为标杆企业进行分析,为辽宁省中小型公司配置科技创新资源,提高资源配置能力,提升科技创新效率提供有益的理论支撑与策略启示。