运用数据包络分析方法对教育部直属高校2000~2010年间的科研效率及其变化趋势进行分析,发现教育部直属高校的科研效率存在较大的差异,而且在2000~2010年间,教育部直属高校科研的技术效率、纯技术效率和规模效率值均存在较大波动现象,整体水平有待进一步提高。应建立教育部直属高校科研效率评价系统,着力提高教育直属高校的科研效率;同时建立基于效率的教育部直属高校科研管理与运行机制,提高科研资源配置的效率,以便更好地推动高校为我国经济社会发展服务。