原发性胆汁性胆管炎熊去氧胆酸治疗应答不佳的差异基因及免疫细胞浸润生物信息学分析

作者：李麟; 宋翊; 陈新瑜; 黄祎; 刘华宝^*

来源：细胞与分子免疫学杂志, 2022, 38(01): 16-23.

DOI：10.13423/j.cnki.cjcmi.009282

• 原发性胆汁性胆管炎
• 生物信息学
• 熊去氧胆酸
• 差异表达基因
• CIBERSORT
• 中药预测

目的 分析熊去氧胆酸(UDCA)治疗应答不佳的差异表达基因，为原发性胆汁性胆管炎(PBC)的治疗提供理论依据。方法 通过检索基因表达数据集(GEO)数据库获得UDCA应答相关基因芯片数据集，筛选差异表达基因(DEG),构建蛋白相互作用网络图，利用注释、可视化和集成发现数据库DAVID进行生物学功能和信号通路的富集分析，并利用反卷积算法CIBERSORT软件对22种免疫细胞的浸润情况进行分析，最后利用关键基因与医学本体信息检索平台Coremine对既与UDCA应答相关，又与免疫细胞浸润相关的DEG进行中药预测。结果 通过分析UDCA应答组与UDCA应答不佳组基因的表达，获得99个DEG。生物学功能和信号通路富集分析提示上调的DEG主要富集于免疫反应、病毒感染、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B (PI3K/AKT)信号通路等，下调的DEG主要富集于免疫反应、炎症反应、补体级联反应、病毒感染、系统性红斑狼疮等。免疫细胞浸润分析结果表明初始B细胞、未活化的CD4+ T记忆细胞、 M1巨噬细胞、未活化的树突状细胞等占主要比例，其中在UDCA应答不佳组肝脏组织中γδT细胞浸润水平较UDCA应答组中显著降低。Coremine中药预测结果显示当归、黄芩、土木香、丹参、厚朴花五味中药与UDCA反应性和免疫细胞浸润的关系最密切。结论 筛选出可能与UDCA应答相关的多种DEG。免疫细胞γδT细胞可能影响UDCA的应答，当归等中药可能通过调节免疫细胞浸润影响UDCA应答。

• 单位
  重庆市中医院