剑麻叶绿体基因组编码序列密码子的使用特征

作者：金刚; 覃旭; 龙凌云; 王丽萍; 覃剑峰; 危丹妮; 陈涛; 蔡中全

来源：福建农林大学学报（自然科学版）, 2018, 47(06): 705-710.

DOI：10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2018.06.011

• 剑麻
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性

以剑麻栽培种H.11648叶绿体基因组为对象,利用Codon W、CUSP、SPSS等软件分析其中的52条蛋白质编码序列的密码子使用特征.结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(Nc)分布于41.34～61.00,其密码子偏好性较弱;第3位碱基GC含量为30.22%,且其叶绿体密码子第3位偏好使用嘧啶;有效密码子数与GC3的相关性达到极显著水平.中性绘图、PR2-plot分析和Nc-plot绘图分析结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组密码子的使用偏好性是受到突变和选择等多重因素共同作用影响而形成的.

• 单位
  广西壮族自治区亚热带作物研究所; 广西大学