利用生物信息学分析剪切因子QKI在胃腺癌中的表达及意义

作者：宋哲瑶; 王星云; 何子康; 王欢; 沈平; 崔荣军^*

来源：牡丹江医学院学报, 2022, 43(06): 41-45.

DOI：10.13799/j.cnki.mdjyxyxb.2022.06.006

• 胃腺癌
• 可变剪切
• 剪切因子
• 免疫微环境
• 生物信息学

目的 利用生物信息学技术探讨胃腺癌(Stomach adenocarcinoma, STAD)预后相关的可变剪切(Alternative spli-cing, AS)事件，筛选预后相关的特异性剪切因子(Splicing factor, SF)QKI,为深入研究QKI在胃腺癌中的作用提供理论依据。方法 TCGA数据库下载STAD相关数据，R语言构建可变剪切事件与剪切因子调控网络(AS-SF调控网络),生存分析筛选STAD预后相关剪切因子，TCGA与GEO数据比较胃腺癌中癌组织与癌旁组织的表达差异；GEPIA网站获取相关基因，R语言进行功能注释；TIMER在线工具分析在胃腺癌中特异性剪切因子与免疫微环境的相关性。结果 通过构建AS-SF调控网络，筛选出胃腺癌中特异性剪切因子QKI,CELF2,SNRPN,BAG2O生存分析提示剪切因子QKI对胃腺癌患者的预后具有显著影响(P<0.05),QKI高表达组的胃腺癌患者总生存率更低。差异分析结果显示QKI在胃腺癌肿瘤组织的表达水平明显高于正常组织，QKI的表达与临床T分期有关。基因富集分析表明QKI主要富集在细胞周期等相关代谢通路。TIMER在线工具分析提示QKI的表达和拷贝数变异(Copy number variation, CNV)可以影响多种免疫细胞特别是巨噬细胞、树突细胞的免疫浸润。结论 胃腺癌中存在可变剪切网络，特异性剪切因子QKI在胃腺癌中高表达并与胃腺癌患者的不良预后相关。在胃腺癌免疫微环境(Tumor immune microenvironment, TIME)中QKI的表达和拷贝数变异能够影响免疫细胞的浸润。

• 单位
  牡丹江医学院