16S rRNA基因两个可变区对反映肠道菌群多样性与物种鉴定能力的比较分析

作者：王国洋; 王景; 赵立平; 张晓君; 张梦晖

来源：中国微生态学杂志, 2013, (09): 1005-1009.

DOI：10.13381/j.cnki.cjm.2013.09.010

• 454焦磷酸测序
• 16S rRNA基因
• V1-V3可变区
• V3-V5可变区 454 pyrosequencing
• 16S rRNA gene
• V1-V3 hypervariable region
• V3-V5 hypervariable region

目的目前基于新一代测序技术开展的人类肠道元基因组学研究已成为微生物学乃至整个生物学中最活跃和最有潜力的学科方向。现阶段绝大部分以肠道菌群为靶标的研究主要基于16S rRNA基因可变区测序。本研究关注的是测序技术发展使得序列的读长能力延长后,选择16S rRNA基因V1-V3区与V3-V5区进行测序所反映的多样性与物种组成信息的异同点。方法以两个真实的16S rRNA基因全长Sanger测序数据为基础,对其中的V1-V3和V3-V5两种片段进行了模拟数据的分析,将它们分别与16S rRNA基因的全长片段在OTU多样性水平和物种组成信息方面进行比较。结果结果显示V1-V3区在OTU多样性上较V3-...

• 单位
  上海交通大学; 微生物代谢国家重点实验室