长臂虾科线粒体基因组结构与系统进化分析

作者：朱陇强; 朱志煌; 林琪; 朱雷宇; 王定全; 王健鑫^*

来源：中国水产科学, 2021, 28(07): 852-862.

• 长臂虾科
• 线粒体基因组
• 结构特征
• 系统发育

综合分析了长臂虾科(Palaemonidae)14个物种线粒体基因组的全序列,发现长臂虾科线粒体基因组的长度为15396～15967 bp,A+T含量为58.97%～69.09%;长臂虾科内不同属线粒体基因组的基因排列各不相同,与十足目(Decapoda)线粒体基因组的原始排列相比,除沼虾属(Macrobrachium)的基因排列顺序未发生改变外,长臂虾属(Palaemon)、叶颚虾属(Hymenocera)和贝隐虾属(Anchistus)的基因排列顺序均发生了不同程度的变化,此外贝隐虾属(Anchistus)还出现基因缺失现象;长臂虾属和沼虾属线粒体13个蛋白编码基因(protein-coding genes,PCGs)的Ka/Ks<<1,显示出很强的纯化选择;长臂虾科13 PCGs在密码子的使用中,被编码的氨基酸均体现相似的偏好性;在线粒体基因组的差异位点分析中,发现nd5、nd4和nd2基因为理想的分子标记。基于13 PCGs系统发育结果表明,长臂虾属与沼虾属互为姊妹关系,叶颚虾属和贝隐虾属单独聚为一大支。分子钟的估算结果推测长臂虾科物种可能起源于二叠纪,随后进一步分化为具有现代表征的长臂虾种类。本研究为快速鉴定长臂虾科生物提供了可靠的分子标记,并为分析长臂虾科物种遗传多样性提供理论基础。

• 单位
  浙江海洋大学; 福建省水产研究所