基因芯片和RNA-seq联合组织芯片分析CLDN8在乳头状肾细胞癌的表达及意义

作者：张观兰; 李建棣; 杨艺洲; 许静婕; 陈思智; 杨小萱; 陈罡; 李生华^*

来源：生物医学工程与临床, 2023, 27(03): 352-358.

DOI：10.13339/j.cnki.sglc.20230420.018

• 乳头状肾细胞癌
• CLDN8
• 免疫组织化学染色
• 基因芯片
• RNA测序
• 预后

目的 联合基因芯片或RNA测序技术及免疫组织化学染色探究CLDN8在乳头状肾细胞癌（PRCC）中的表达及其临床意义。方法 通过Gene Expression Omnibus数据库、Sequence Read Archive数据库、ArrayExpress数据库、癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集PRCC的组织mRNA表达数据集和开展免疫组织化学染色实验检测CLDN8的表达水平，非配对独立样本t检验用于分析CLDN8在癌组织与非癌组织的表达差异。数据偏倚通过Deeks’和Egger’s检验评价。标准化均数差（SMD）、灵敏度、特异度、似然比、汇总受试者工作特性曲线用于评估CLDN8的临床价值。收集TCGA数据库中PRCC患者的临床病理参数，通过非配对独立样本t检验或方差分析探究CLDN8表达与患者临床病理特征之间的关系。结果 共筛选出7个数据集，包括500例PRCC组织和111例非癌组织，CLDN8在PRCC中显著低表达（SMD=-6.80,95%CI:-8.97～-4.63），在PRCC与非癌组织表达差异具有极显著统计学意义（P <0.000 1），汇总受试者工作特性曲线下面积趋近于1.00(95%CI:0.99～1.00)，灵敏度为0.99(95%CI:0.93～1.00)，特异度为0.99(95%CI:0.83～1.00)，阳性、阴性似然比分别为103.39(95%CI:5.16～2 069.90)、0.01(95%CI:0.00～0.08)。整体未检测到明显的发表偏倚。CLDN8表达水平与患者性别、年龄、分级分期无明显关联。结论 CLDN8表达水平在PRCC中降低，可能与PRCC的发生、发展相关。

• 单位
  广西医科大学第一附属医院; 广西医科大学