基于生物信息学分析肝癌发病的关键基因及通路

作者：金敏; 王思月; 王淞; 张雪梅; 张志^*

来源：华北理工大学学报(医学版), 2021, 23(03): 169-185.

DOI：10.19539/j.cnki.2095-2694.2021.03.001

• 肝癌
• 生物信息学分析
• 差异表达基因

目的探索肝癌差异表达的基因及关键通路,并提供肝癌发生和治疗的生物信息学基础。方法首先使用R语言获得GSE14520数据集中差异表达的基因,通过DAVID数据库进行GO和KEGG功能途径富集分析,使用STRING数据库构建蛋白质间相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape软件筛选核心模块和关键基因,并使用GEPIA,UALCAN,HPA,Kaplan Meier-Plotter数据库分析关键基因在肝癌组织和正常肝组织中的基因及蛋白水平的表达、肿瘤分级和分期的相关性以及预后生存情况。最后使用Metascape在线工具分析得出核心基因的富集通路。结果一共得到274个差异表达的基因,核心模块中的5个关键基因在肿瘤组织中高表达且预后不良。结论 CDK1、CCNB2、CDC20、NDC80、BUB1B可能是肝癌潜在的治疗靶标,富集的PID PLK1通路可能是肝癌发生机制的关键通路之一。

• 单位
  公共卫生学院; 生命科学学院; 华北理工大学