牦牛KDM1B基因CDS区克隆及其在不同组织和卵母细胞成熟过程中的表达

作者：秦文昌; 殷实; 熊显荣; 王斌; 黄向月; 周婧雯; 李键^*

来源：农业生物技术学报, 2019, 27(09): 1604-1613.

• 牦牛
• 赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1B基因(KDM1B)
• 组织表达
• 卵母细胞

赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1B (lysine-specific histone demethylase 1B, KDM1B)是卵母细胞中一些印记基因从头甲基化(de novo methylation)所必需的。为了克隆牦牛(Bos grunniens) KDM1B基因的编码区(coding sequence, CDS)序列,并分析KDM1B在牦牛各类组织及卵母细胞成熟过程中的表达特性,本研究以牦牛卵巢cDNA为模板,采用逆转录PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction, RTPCR)技术分段克隆牦牛KDM1B基因的CDS序列,通过生物信息学方法对牦牛KDM1B蛋白的理化性质、结构及KDM1B基因在物种间的保守性进行预测分析;采用qRT-PCR技术检测KDM1B在牦牛各类组织及卵母细胞成熟过程(GⅤ, MⅠ和MⅡ期)中mRNA的表达规律。结果表明,牦牛KDM1B的CDS区全长为1 737 bp (GenBank No. MK806390),编码578个氨基酸,其KDM1B蛋白相对分子质量为64.90 kD,理论等电点为7.20,总平均亲水性-0.190,不稳定指数41.73,表明该蛋白为亲水不稳定蛋白;二级结构包含α-螺旋、β-转角和无规卷曲;牦牛KDM1B蛋白包括N-端双锌指(N-terminal double zinc finger, zf-CW)、N-端SWIRM (Swi3p/Rsc8p/Moira, SWIRM)和C-端胺氧化酶(amino oxidase, AO)结构域,无信号肽和跨膜结构。牦牛KDM1B基因与瘤牛(B. indicus)、黄牛(B.taurus)等哺乳动物的同源性较高。KDM1B在牦牛各类组织中广泛表达,其中在小肠中的相对表达量最高。牦牛卵母细胞成熟过程中,MⅡ期KDM1B mRNA表达水平极显著高于GⅤ期和MⅠ期(P<0.01),GⅤ和MⅠ期KDM1B mRNA表达差异不显著。本研究为进一步研究KDM1B在牦牛生殖过程中的作用提供了基础数据。

• 单位
  西南民族大学