益生菌可通过细胞信号通路调节肠上皮细胞、肠巨噬细胞、树突细胞、T细胞的功能,甚至调节细胞凋亡.其主要调节的细胞通路为核转录因子-κB (NF-κB)通路和促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK通路),过氧化物酶体增殖物活化受体γ(PPARγ)和热休克蛋白(hsp)也是益生菌或其产物作用的对象.