农业生态补偿是从农业生态系统的角度出发,对农业所提供的生态系统服务所进行的补偿,它为开发农业的生态环境服务功能和文化服务功能,促进农业绿色发展和农民增收提供了一种新的政策工具。南疆四地州应大力发展多功能农业,在农业生态补偿的政策运用方面应以保护农业生物多样性为目标,通过采取多种补偿方式,建立项目运行机制等来充分发挥农业生态补偿的政策效应。