基于高通量测序的结直肠癌组织中环状RNA功能研究与预后分析

作者：傅中懋; 罗再; 戎泽印; 章建明; 李腾飞; 余志龙; 黄陈^*

来源：上海交通大学学报 (医学版), 2021, 41(02): 187-195.

• 结直肠癌
• 环状RNA
• 预后
• 调控网络

目的·通过分析结直肠癌组织中环状RNA (circular RNA,circRNA)的差异表达谱,揭示结直肠癌的发生机制及差异表达circRNA与结直肠癌患者预后之间的关系。方法·收集上海交通大学附属第一人民医院普外科行结直肠癌根治术12例患者的肿瘤与癌旁正常组织,使用高通量测序技术检测结直肠癌及癌旁组织中circRNA的表达情况。通过基因本体(gene ontology,GO)注释分析及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,对差异表达的circRNA进行功能预测。在显著表达上调与下调的circRNA中各挑选2个circRNA,采用实时荧光定量PCR (real-time fluorescent quantitative PCR,RTqPCR)技术在44对结直肠癌组织中验证测序结果的准确性,通过搜索公共数据库构建这4种circRNA与微RNA (microRNA,miRNA)特异性结合网络图。最后结合患者预后资料判断差异表达circRNA与预后的关系。结果·经高通量测序共检测出20 924个circRNA。与癌旁正常组织比较在结直肠癌组织中异常显著表达的circRNA共有373个(︱log2FC︱>1,P<0.05),其中显著上调的有243个,显著下调的有130个。在44对结直肠癌样本中,RT-qPCR验证结果与高通量测序数据筛选的circRNA表达趋势基本一致。通过绘制circRNA-miRNA-mRNA互作网络后发现,与circRNA相关的miRNA与mRNA在结直肠癌患病过程中可能起着关键作用。结合患者预后信息,hsacirc0023984、hsacirc0008192高表达的患者预后较差;hsacirc0020093、 hsacirc0069922高表达的患者预后较好。结论·结直肠癌组织中存在异常表达的circRNA,这对进一步研究circRNA在结直肠癌发生和发展中的作用机制奠定了基础,对未来新型临床诊断标志物及治疗的发展提供有价值信息。

• 单位
  上海交通大学